Podnět k založení Kongregace Milosrdných sester sv. Karla Boromejského dal mladý advokát Josef Chauvenel ve francouzském městě Nancy, kde po třicetileté válce bylo velmi mnoho chudých, zbídačených lidí, dospělých i dětí. Zblízka viděl hrůzu utrpení a bídy nakažených morem a stal se jejich "advokátem". Sám zasažen touto nemocí umírá v 31 letech.

Jeho otec Emanuel vyplnil přání umírajícího syna založením "Domu milosrdenství" 18. června  1652. Pět prvních sester se dává do těžkého díla. Přijímají milosrdnou lásku za své poslání. Dobrovolně takto vyloučené z vlastních rodin vytvářejí novou rodinu, kterou zasvěcují Svaté Rodině nazaretské.

6. května 1663 dochází ke státnímu schválení "Společnosti Svaté Rodiny Ježíše, Marie a Josefa"! A 21. května téhož roku k církevnímu schválení od toulského biskupa.

Podle činnosti sester je brzy lidé začali nazývat milosrdnými - a jméno sv. Karla Boromejského přidávaly proto, že sochy tohoto světce zdobily průčelí a dvůr domu, kde sestry bydlely. Sv.Karel však nejen stál v názvu Kongregace, ale už od počátku utvářel svým příkladem srdce a službu sester.

Na prosbu pana Aloise  Klára vyhledal P. Heřman Dichtl dvě české dívky, které v roce 1834 vstoupily v Nancy do noviciátu a za rok je následovaly další dvě. Dne 28.9.1837 se spolu s francouzskou sestrou Marií Terezií Helvigovou vrátily do Čech a v Praze začaly svou činnost v ústavu slepých Na Klárově.

Alois Klár

P. Heřman Ditchl

Matka Terezie Helwigová

Zakoupily dva malé domky pod strahovskou zahradou, které daly základ  nemocnici a mateřskému domu s kostelem sv. Karla Boromejského.

Činnost sester se rozrůstala - v roce 1945 působily již na 120 místech, převážně v nemocnicích, školách a různých sociálních ústavech.

V 50. letech byl všechen majetek sester zestátněn, staré sestry byly soustředěny do charitních domovů a mnoho mladých sester bylo vyvezeno do pohraničí, kde pracovaly v textilních továrnách.

Do roku 1989 pracovaly sestry jen v některých domovech důchodců a v ústavech pro mentálně a tělesně postižené, většinou v pohraničí a málo osídlených oblastech. Natajno přijímané sestry pracovaly též v nejrůznějších civilních zaměstnáních.

Dělící čarou historie Kongregace je listopad 1989. Nově získaná svoboda umožnila sestrám vystoupit z ilegality a veřejně se hlásit k zasvěcenému životu a službě lidem.

V roce 1990 začaly sestry znovu pracovat v Nemocnici Pod Petřínem. Postupně se obnovil i přilehlý kostel sv.Karla a Mateřský dům sv.Notburgy.

Během 90. let se obnovila činnost v Domově sv.Karla v Řepích a od roku 2000 převzaly sestry  službu v římské koleji Nepomucenum.